新型冠狀病毒疾病當前，藥師公會全聯會率領社區健保藥局於2月6日站上防疫最前線，肩負起口罩「實名制」的重任，藥師義無反顧全力以赴，無奈的是，健保署於2月11日發函（健保醫字第1090032695號）表示，為因應嚴重特殊傳染性肺炎，保險對象持有效期間內之慢性病連續處方箋，可一次領取該處方箋用藥量至多60天。對此公告，經藥師公會全聯會與衛福部協商後，健保署於 2月12日發函廢止適用。
藥師公會全聯會理事長黃金舜與衛生福利部溝通指出，該政策鼓勵本持有慢箋之民眾回流至醫療院所重新開立處方，恐增加感染風險成為防疫缺口；他並強調醫院釋出處方箋，讓民眾在社區藥局領藥，不但能降低民眾互相傳染的風險，也能紓解醫院醫療人員的壓力，健保署旋即採納全聯會建議，並於2月12日發函（健保醫字第1090032710號）公告廢止前函「本署前於109年2月11日以健保醫字第1090032695號函有關保險對象疫情期間持有效期間內之慢性病連續處方箋可一次領取該處方箋用藥量至多60天案，自即日起廢止適用。」
健保署長李伯璋也於2月13日於自由時報發表投書表示，抗疫作戰社區藥局擔當重任，感恩藥師公會全聯會、藥劑生公會全聯會與藥局藥師們的支持，開啟防疫新境界！他指出，健保署的「醫療資訊雲端查詢系統」及「健保IC卡」在全民共同對抗COVID-19過程，一方面讓第一線的醫師可以即時掌握病人的中港澳旅遊史，另一方面口罩實名制則透過健保特約藥局販售，整個作業過程是防疫如同作戰，若沒有健保特約藥局支持，必然無法落實這政策。
李伯璋說，由於正值流感季節，在預防COVID-19及流感擴散的防疫過程中，建議民眾若只為慢性病連續處方箋領藥，儘量考慮在社區藥局取藥，減少前往醫院是較好的選擇。這次社區藥局協助政府販售口罩，很多民眾也反應社區藥局的藥師態度親切，看到他們對領慢性藥病人提供的專業藥物諮詢很感動，未來健保署也應該積極考慮善用社區藥局的優勢，與他們合作，為民眾提供更多的服務。
↑健保署長李伯璋於2月13日於自由時報投書表示，抗疫作戰社區藥局擔當重任。