《全民健康保險法》第61條第3項明訂：「門診醫療給付費用總額，得依醫師、中醫師、牙醫師門診診療服務、藥事人員藥事服務及藥品費用，分別設定分配比率及醫藥分帳制度。」自健保開辦以來，主管機關已設定西醫基層總額、中醫門診總額、牙醫基層總額及藥品費用分配比率目標，惟僅「藥事人員藥事服務費」迄未設定「藥事人員基層總額」。既未分配費用比率，依本條項之規定，所有藥事人員所提供調劑之藥事服務費，即應將之分配至各基層總額之中，方符法理、亦屬現況。
因此，全聯會長年爭取落實《全民健康保險法》第61條之規定，即獨立設立「藥事人員藥事服務及藥品費用」總額，除此長期目標外，中短期也訴求於各總額內要有足夠的藥事人員代表。2020年底，中醫門診總額會議中決議，明定健保特約藥局不得申報中藥藥費及調劑費，有違憲法比例、平等及法律保留原則之虞，亦和《全民健康保險法》與《行政程序法》相關規定相悖。全聯會第一時間便三度行文抗議，並指出，目前中醫門診總額會議中全然無藥事人員代表，乃為結構性問題，建請在中醫門診總額會議納入藥師代表。
對此，主管機關於今年2月回文，表示將對此事進行研商，健保署並於2月25日召開110年第1次中醫門診總額研商議事會議討論此案，本會由中藥發展委員會主委黃世勳及委員蕭力禓代表出席。會中，黃世勳表示，中醫門診總額本有含藥事服務費，近五年來均約2億元，且藥費在該總額中的占比逐年上升，已突破百億大關，占比約在35%左右。按法理來說，藥師本就是總額分配中的重要相關族群。同時也很希望能夠進入總額會議，一起為中醫藥發展的未來共同打拚。舉例來說，目前中醫院之中藥調劑本為藥師負責，亦有超過4,000家社區藥局兼營中藥業務，若有藥師代表，方能忠實反映目前所遇困境，如：中藥調劑難度較高、天數較多，惟調劑費卻與西藥有過大落差等問題。
蕭力禓進一步補充，目前全民健康保險中，醫院總額、西醫基層總額、牙醫總額，均有藥事人員代表，前兩者甚有藥品提供者代表。惟中醫門診總額，除付費者、保險人、政府代表等8名當然代表外，僅有2名醫院代表，其餘18名為中醫門診服務提供者，全然無藥事人員代表，使藥界專業意見在中醫基層總額中被不等比例的縮減，顯未符母法之立法精神，多元性也不足。另外，目前藥費占中醫門診總額約35%，但藥事服務費僅占0.7%，有藥費支出卻無申報調劑費，究竟是什麼狀況，希望各位代表深思。
對此，健保署回應尊重中醫門診總額代表的意見，而代表多持反對意見，大致有：「中醫門診總額設立之初，有周全考慮，並無增加藥事人員之必要」、「目前總額會議中溝通順利」、「中醫門診總額也和護理師及物理治療師等醫事人員有關，難道也要有代表」、「總額會議中不能處理職業別的問題」等，故此次訴求爭取未果。全聯會雖對上該意見不盡贊同，但尊重中醫門診總額會議代表的發言，未來將持續努力，增進民眾中藥用藥安全並積極溝通，共謀做大中醫藥發展。
↑各總額組成。