糞腸球菌及屎腸球菌過去雖曾被歸類為益生菌,基於保障消費者健康及食用安全之考量,衛生福利部重新評估此2種腸球菌之食用安全性,並於11月6日公告未經確認其食用安全性前,不得作為食品原料使用,相關規定將自108年7月1日生效。
根據聯合國糧食及農業組織與世界衛生組織聯合工作小組(Joint FAO/WHO Working Group)評估,基於腸球菌株具有萬古黴素(vancomycin)之抗藥性,且部分具有抗萬古黴素抗藥性基因之腸球菌株與醫院院內感染相關,因此不建議再將腸球菌作為益生菌供人類使用。2007年歐洲食品安全局將腸球菌(包括糞腸球菌與屎腸球菌)自安全資格認證中移除;於美國,目前亦未發現申請糞腸球菌株或屎腸球菌株作為食品添加物的GRAS申請資料。
衛福部公告將限制「糞腸球菌」及「屎腸球菌」未經確認其食用安全性前,不得作為食品原料使用。如業者仍有使用需求,應檢具菌株(strain)之基本資料、該菌株之詳細生產加工過程、品管及儲存方式、預計使用方式及用量、安全性證明(包含基因毒性、九十天餵食毒性、致畸試驗、全基因體序列、毒力相關因子檢測、抗生素抗藥性檢測)及不具致病性證明等其他必要性資料,送衛福部提出申請並確認其食用安全,經公告後始得作為食品原料使用。違者得依食品安全衛生管理法第48條規定處新臺幣3萬元以上300萬元以下罰鍰。