慈濟大學於8月11日行文教育部，擬在113學年度增設藥學系學士班並招收30名學生，教育部也在9月6日函覆慈濟大學同意增設。藥師公會全聯會對此表達強烈反對。
全聯會第一時間知悉後，9月7日立即發函教育部表達嚴正抗議，亦向政府相關機關、各地區民代表達不滿，並於9月8日提供完整說帖，說明此事貿然決定未事先諮詢本會，有欠周全，且當前藥師人力充足，增設藥學系將破壞藥事人力市場平衡，以日本為例，在未加以管控藥師人力下，即造成的教育品質、人力供過於求等種種問題。全聯會提出應實施藥學生總額，增設藥學生員額協商平台，並應訂定標準檢視藥學系教育品質。
爾後，立委吳思瑤接獲本會意見，隨即邀集全聯會、衛福部醫事司與食藥署、教育部高教司與技職司，共同於9月21日召開協調會議。會議中，黃金舜再次嚴正表達藥學生員額管控的必要性。最後協調會做成決議如下：
一、增設藥學系應依法針對人才培育政策與社會需求等多面向進行評估，並邀集相關代表團體(藥師公會全聯會)表達意見。
二、我國藥師人力高於國際平均，不存在匱乏問題，增額將破壞整體人力市場平衡，教育部、衛福部應研議實施藥學生總額管制制度。
三、教育部應全面改革藥學教育，訂定檢視規範以汰劣擢優，確保教學品質，故教育部及衛福部同意建立各校藥學生員額協商平台，並於明年初啟動相關會議，廣邀藥界相關團體及大學參與。
四、有關慈濟大學獲准新設藥學系，請教育部及衛福部定期追蹤培育人才留任花東措施之執行，以符合其設立計畫書之目標。
全聯會將持續把關藥學教育品質與藥事人力市場穩定，也感謝吳思瑤大力相挺，堅守為藥學教育品質監督之責，促成本次順利協調。
