偏頭痛的藥物治療包含有“急性發作藥物”和“預防發作藥物”。對於中重度急性偏頭痛發作的病人，建議由頭痛專科醫師診斷後給予藥物治療，並建議病人需記錄頭痛發作次數協助醫師診斷。常使用的藥物有翠普登(Triptans)和麥角胺(Ergotamine)。翠普登為血清張力素接受器活化劑，目前在台灣上巿的有“英明格”(sumatriptan, Imigran®)和羅莎疼(Rizatriptan, Rizatan®)。多數的病人在服用2小時後即可有效緩解頭痛；建議應頭痛發作早期服用效果較佳，若服用後仍發生頭痛復發情形，間隔2小時後，可再追加劑量。
翠普登常見的不良反應有噁心/嘔吐(11%)、倦怠感(6%)、嗜睡(6%)、胸口或頸部的緊繃感(3-6%)等。此藥物的不良反應與劑量有關，劑量愈大發生率愈高。另外，翠普登不適用於高血壓控制不良、腦血管疾病或冠狀動脈高危險群、和懷孕及授乳婦女，因此服用此藥物應由醫師開立才可服用。另外，翠普登若過渡服用(每月使用10天以上)易導致“藥物使用過度頭痛”，應特別留意。
除了翠普登外，麥角胺藥物也可用於中重度的急性偏頭痛，但麥角胺藥物專一性不如翠普登。麥角胺常與咖啡因製成複方口服製劑，本院藥物為ergotamine/caffeine (cafergot®)。經研究顯示麥角胺緩解偏頭痛的效果雖不及翠普登，但針對偏頭痛發作時間較長(>48小時)或復發頻率高的患者，麥角胺確有較好的治療效果。常用劑量為每次0.5-2mg，平均每月使用不宜超過六次，否則易造成“藥物使用過度頭痛”；另外在，高血壓控制不良、腦血管疾病或冠狀動脈高危險群，也不建議使用。
若是每週頭痛發作大於等於二次、頭痛發作時間長(超過48小時)、頭痛的程度非常嚴重、急性的處理往往無法完全減輕疼痛或影響到日常生活，應考慮使用預防偏頭痛的藥物。目前可用於偏頭痛預防性發作治療之藥物可分為β－阻斷劑、抗憂鬱劑、鈣離子阻斷劑、抗癲癇藥物、非類固醇抗發炎藥物。其中以β－阻斷劑中的propranolol證據等級最佳，建議做為第一線治療。而valproic acid、topiramate、flunarizine建議為第二線治療。有使用抗癲癇藥物的病人應注意藥物不良反應，包括：體重減輕、掉髮、顫抖、肝指數增加、及懷孕畸胎，因此該藥物不建議使用於懷孕婦女，易造成胎兒神經管缺陷。另外，非類固醇抗發炎藥物也常用於預防偏頭痛，是屬於中等療效，但腸胃不適反應大，如有有胃潰瘍的病人不建議使用。在使用預防偏頭痛的藥物時，建議應由小劑量開始服用，並持續使用1個月，待偏頭痛發作次數減少再開始考慮減藥。